「~」（チルダ）はUNIX系のOSでは特別な意味を持っているため、通常のFTPソフトの操作では「~」を含む名前のディレクトリやファイルを操作できない場合があります。

FTPソフトからサーバーに対して以下の形式でコマンドが送信されれば操作を行う事ができますので、 サーバーに対して送るFTPコマンドを指定できるFTPソフトを使用し、以下の形式でFTPコマンドを送信してください。

[FTPのコマンド] ./[チルダを含む名前]

例えば、「~abc」という名前のファイルを削除する場合のFTPコマンドは以下の様になります。

DELE ./~abc

また、「~abc」という名前のディレクトリを削除する場合のFTPコマンドは以下の様になります。

RMD ./~abc