受信メールについてはすべてチェックされます。
送信メールについては、WebARENA SuiteXのSMTPサーバーを使ってメールを送信していれば

（メールソフトのSMTPサーバー設定欄にWebARENA SuiteXのサーバーが設定されていれば）

すべてチェックされます。
また、CGIからsendmailプログラムを利用して送信するメールも対象になります。

なお、ウイルスによってはWebARENA SuiteXのサーバーを経由せずに直接メールを送信するものがあります。

このようなウイルスはチェックの対象になりません。