SuiteXもSuitePRO V3も一台のサーバーを複数のお客さまで共有する点は同じです。
SuiteXは、サーバーだけでなくメール、Webといった基本サービスも共有しています。そのため、サービスのカスタマイズや、個別サービスの導入には制限がありました。

SuitePRO V3では、OS、メール、Webといったサービスをお客さま個別に設定できるだけでなく、自由にサービスを導入することが可能です。
また、SuiteXではお客さまのドメインおよびメールやWebの設定を弊社側で行っていましたがSuitePRO V3ではお客さま自身で設定を行う必要があります。
 
Linuxの操作やサーバーの設定などはよくわからないが、Webやメールを利用したいお客さまにはSuiteX、もしくは、メールホスティングをおすすめします。
Linuxの知識があり、サーバーの設定をカスタマイズしたり、個別のアプリケーションをインストールしたいというお客さまには後継サービスのSuitePRO V4をおすすめします。