移行したデータがSuiteSの仕様の仕様に合っているか確認してください。
ファイルの設置ディレクトリ、CGIプログラムのパス、ファイルのパーミッション、 ファイルアップロード時の転送モード（アスキーモード）等に間違いがないか確認を お願いします。