マルチドメインに対しそれぞれ別のSSL証明書を設定することはできません。
※1つのサーバーにおいて、SSLサーバー証明書は1つのみ設定可能です。複数のSSLサーバー証明書は設定できません。
 
別のSSL証明書を設定したい場合は、新たに別のご契約サーバーにて運用してください。