制限しておりません。

/var/www/cgi-bin 以外でCGIを実行させたい場合は、httpd.conf を編集し、他ディレクトリでもCGIの実行を許可するか、.htaccess を許可するかのいずれかになります。
/var/www/html で.htaccess の使用を許可したい場合は、/var/www/htmlの設定をしている箇所のAllowOverride をAllにすることで.htaccessが有効になります。