インスタンスのOS内の設定状況によっては、「インスタンスの停止」ボタンをクリックしてもシャットダウンされない場合があります。
この場合、「強制停止」ボタンをクリックして、インスタンスを停止してください。

インスタンス一覧画面の停止したいインスタンス右端プルダウンから「アクセス」を選択します。

画面右側の「強制停止」ボタンをクリックしてください。