お使いのメールソフトから契約サーバーに接続する際に、IMAP設定になっていることが原因の可能性があります。
一部のメールソフトにおいて、IMAP接続でメール設定を行なうと、「Junk」という名前のフォルダーを生成する仕様となっているものがあります。

上記仕様のメールソフトでサーバーに接続した際に、「Junk」に振り分けられた場合、POP接続で受信する設定をしている別端末ではメールを受信しません。

現在のところ、iPhoneやThunderbirdなどでIMAP接続すると、「Junk」フォルダーが生成されることが確認されています。
その他ソフトでも生成される可能性がありますが、詳細は該当メールソフトのサポートやヘルプページにてご確認ください。

NTTPCサーバーの機能として、「Junk」フォルダーを生成することや、そのフォルダーにメールを振り分ける機能はございません。
本現象を回避するためには、該当メールソフトでIMAP接続する設定をやめ、POP接続をすることや、他のメールソフトをお使いになることをお勧めします。
また、メールアドレスの共有を避け、共有が必要なメールはメーリングリストなどを使用することでも回避が可能になります。

※生成された「Junk」フォルダーをメールソフトやWebメール（Denbun）上で削除しても、設定変更しないまま、同じソフトでIMAP接続すると、再度「Junk」フォルダーが生成されますのでご注意ください。